1992年9月郭燕薇校長成為基新第六任校長。
1993年3月,擴校工程展開。擴校後,學校多了課室和特別室以開設更多科目,培養學生多方面的興趣。
學校亦透過靈修早會、團契聚會、福音周、福音營,讓學生認識真理;同時自1990年起設立「紀律雄師」計劃,通過小組活動、山野技能訓練、軍訓等,幫助一些缺乏成就感的學生重拾自信。
2011年9月,郭校長榮休,由翁港成先生接任校長,翁校長繼承基新優良傳統,帶領師生發展德、智、體、群、美、靈六育。在翁校長的帶領下,基新中學在學術、藝術及音樂等多方面持續發展,取得了卓越成就。
學校在翁校長和一眾專業教師團隊的群策群力下,學生學業成績每年不斷攀升,從未下滑,在公開試表現更是屢創新高,成績得到區內坊眾一致認可。面對全港適齡人口下跌的大趨勢,基新中學依然逆流而上,持續擴班,自行收生報名及中一叩門人數均大幅上升,學額競爭激烈。學校的公開試合格率和成績增值亦不斷提升,每年都有不少學生成功考入香港中文大學、香港大學和香港科技大學等知名學府。此外,學校在藝術和音樂方面也積極發展,成就斐然。基新中學的合唱團和管弦樂團每年都有不少校內、校外演出,在區內夙負盛名。
例如,學校管弦樂團曾聯同聖保祿學校舉辦聯校法國五月藝術節音樂會;管弦樂團及合唱團又會每年到迪士尼演出,同學們樂在其中,培養音樂造詣。
除此之外,學校50週年音樂劇的精湛演出口碑載道,吸引了數千名小學生、家長及校友前來欣賞,盛況空前,一票難求。這些活動不僅豐富了學生的課餘生活,也加強了學校與社區之間的聯繫,帶領學校發展蒸蒸日上。